新疆医科大学于1993年开始招收留学生，2001年实施规模化留学生学历教育。2004年6月，成立了集来华留学生招生、教学管理及日常管理为一体的国际教育学院，现学院下设4个科室和1个教研室，包括综合办公室、教学科、学生综合管理办公室、培训科和对外汉语教研室。学院现有在编教职工22人，其中行政管理人员15人、对外汉语教师7人。

截止2023年4月，已培养出分别来自印度、巴基斯坦、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦等39个国家的160余名硕博层次研究生、1800余名本科生以及345人次语言及医技培训生，其中不乏以优异成绩获得中国政府奖学金的留学生们，专业涵盖有临床医学、中西医结合、口腔医学、针灸推拿学及药学。

学院目前本科专业包括临床医学(英文授课)、临床医学(中文授课)、药学、口腔学、中西医结合临床医学、针灸推拿学，研究生专业覆盖临床医学、药学、口腔医学、护理学、医学技术等。

新疆医科大学2007年成为教育部认可的接受临床医学专业自费留学生并实施英语授课的25所医科院校之一；2008年学校成为新疆首批接收中国政府留学生奖学金的自治区三所高校之一；2009年获得巴基斯坦口腔医学委员会、沙特阿拉伯高等教育部认证，被教育部授予来华留学生教育先进集体；2011年经自治区批准学校被为来疆留学高校示范基地；2013年在全国来华留学生医学本科教育评估中获得第八名的佳绩；2019年12月，圆满完成教育部组织的来华留学生医学教育专项检查，成绩优异。